Bộ môn Kỹ thuật môi trường được thành lập ngày 08/10/2002 theo Quyết định của Hiệu trưởng trường Đại học hàng hải Việt Nam.
Ngày 22/5/2015, Bộ môn Kỹ thuật môi trường sáp nhập với Bộ môn hoá học để phát triển thành Viện Môi trường theo Quyết định số 1302/QĐ-ĐHHHVN-TCCB của Hiệu trưởng Trường Đại học Hàng hải Việt Nam.
Cơ cấu nhân sự của Bộ môn hiện nay gồm có 17 cán bộ giảng viên:
- 1-TS. Nguyễn Xuân Sang - Trưởng Bộ môn
- 2-TS. Trần Hữu Long - Phó Viện trưởng
- 3-ThS. Bùi Đình Hoàn - Giảng viên
- 4-TS. Trương Văn Tuấn - Giảng viên
- 5-ThS. Đinh Thị Thuý Hằng - Giảng viên
- 6-ThS. Nguyễn Hoàng Yến - Giảng viên
- 7-ThS. Nguyễn Thị Như Ngọc - Giảng viên
- 8-ThS. Bùi Thị Thanh Loan - Giảng viên
- 9-ThS. Nguyễn Thị Thư - Giảng viên
- 10-ThS. Nguyễn Thị Tâm - Giảng viên
- 11-ThS. Nguyễn Thị Thùy Linh - Giảng viên
- 12-ThS. Nguyễn Thị Nương - Giảng viên
- 13-ThS. Nguyễn Thị Thu - Giảng viên
- 14-ThS. Nguyễn Thị Thuý Nhung - Giảng viên
- 15-ThS. Trịnh Thị Thu - Kỹ thuật viên
- 16-ThS. Bùi Thị Huế - Kỹ thuật viên
- 17-ThS. Nguyễn Thị Hà - Giáo vụ
Bộ môn Kỹ thuật môi trường đảm nhiệm việc quản lý và giảng dạy cho ngành đào tạo Kỹ thuật môi trường hệ đại học chính quy